Вопросу развития спорта и оздоровления населения в Южно-Сахалинске руководство области и города начало уделять внимание сразу же после освобождения юга Сахалина от японских милитаристов в 1945 году.


2 января 1947 года, вместе с созданием единой Сахалинской области и включением её в состав СССР, в Южно-Сахалинске создается комитет по делам физической культуры и спорта при городском исполкоме Совета депутатов трудящихся. Комитету были делегированы полномочия по развитию массового спорта, проведению соревнований и спартакиад, оздоровительной работе с учебными и трудовыми коллективами. Комитет присваивал спортивные разряды по баскетболу тяжелой и легкой атлетике, гимнастике, велоспорту, волейболу, футболу, хоккею, боксу, борьбе, прыжкам с трамплина, слалому, стрельбе, фехтованию и лапте.


В августе 1947 года была организована первая в истории островного края летняя спартакиада. А в 1948 году Комитет провел первые соцсоревнования между трудовыми и учебными коллективами, спортивными обществами на лучшую организацию спортивной работы. В дальнейшем это мероприятие стало традиционным.


Работа велась в тесном контакте с другими комитетами исполкома: культуры, здравоохранения, народного образования и другими, а так же добровольными спортивными организациями и обществами.


В план мероприятий на 1950-е Комитета входит работа с коллективами, физкультурно-оздоровительная работа в школах, координация работы комсомольских и пионерских организаций, создание судейский коллегий по различным видам спорта. Проводилась большая работа и в печати — убликовались как критические, так и хвалебные материалы.


1 апреля 1953 года Совет Министров РСФСР упразднил комитет по физкультуре и спорту при Совете Министров. Волна расформирования прокатилась по областным и городским комитетам. Основные функции расформированных структур были переданы Министерству здравоохранения. В 1954 году комитеты были возвращены на областном и городском уровне.


В 1959 году в городе была создана городская ДЮСШ по лыжным видам спорта, а в 1960 году ДЮСШ по летним видам. В 1964 году открылась спортивная школа по плаванию.


В 1965 году советский космонавт Павел Романович Попович заложил первый камень в фундамент стадиона «Спартак». Спортивный объект был введен в эксплуатацию в 1974 году. В это же время начала свою работу ДЮСШ по классической борьбе.


С 1976 года сахалинцы принимают участие в традиционных соревнованиях «Сахалинская лыжня», в первый год приняли участие более 70 тысяч человек, и турнира дворовых команд по хоккею «Золотая шайба».


За 1976-1978 годы значительно укрепилась материально-техническая база. Введен в эксплуатацию 30-метровый трамплин с искусственным покрытием, на горнолыжных трассах установлено 5 подъемников, оборудованы 2 освещенные лыжные трассы, построены спортивные залы при школе №3 и ГПТУ №17.


В 1992 году комитет по физической культуре и спорту при Южно-сахалинском горисполкоме реорганизован в отдел по физической культуре и спорту администрации города Южно-Сахалинска.

В результате ликвидации системы профсоюзного спорта в г. Южно-Сахалинске в 1991 году, по договоренности между областным советом профсоюзов и администрацией города в муниципальную собственость приняты детско-юношеские спортивные школы вместе со своими спортсооружениями (ДЮСШ лыжных видов спорта, ДЮСШ по плаванию, ДЮСШ летних видов спорта, ДЮСШ по баскетболу, ДЮСШ по классической борьбе, ранее находящиеся в ведении профсоюзов и спортивного клуба «Спартак»), которые в августе 1993 года постановлением мэра г. Южно-Сахалинска были переданы отделу по физической культуре и спорту.

Отдел по физической культуре и спорту практически взял на себя многие функции ликвидированных профсоюзных спортивных организаций, спортивного комбината, органов образования в части внештатной и внешкольной работы.

В то же время в г. Южно-Сахалинске бурно развиваются общественные организации занимающиеся физической культурой и спортом, как основой своей уставной деятельностью, это: «Карате-до», «Сетокан», ассоциация самбо и дзюдо, «Ундо», федерация футбола, Сахалинская Федерация каратэ Киокушенкай.

В 1995 году ДЮСШ по классической борьбе присвоен статус специализированной детско-юношеской школы олимпийского резерва по Греко-римской борьбе. С присоединением к городу «Северной территории» в Ново-Александровске силами отдела и спортивной школы по Греко-римской борьбе в здании бывшего детского сада после соответствующего ремонта в 1996 году открыт филиал по греко-римской борьбе.

В 1999 году постановлением мэра города Южно-Сахалинска «О Положении об управлении по физической культуре и спорту администрации г. Южно-Сахалинска» отдел переименован в управление, а затем в 2000 году, управлению присвоен статус юридического лица.

По поручению мэра г. Южно-Сахалинска управлением по физической культуре и спорту администрации г. Южно-Сахалинска, совместно с научной группой под руководством доктора педагогических наук, профессора СахГУ Петра Пасюкова впервые была разработана Концепция развития физической культуры и спорта в муниципальном образовании «Город Южно-Сахалинск» на период 2004-2007 годы».

С 1998 по 2005 годы управлением по физической культуре и спорту совместно с администрацией города и Сахалинской области внесен существенный вклад в укрепление материально-технической базы спортивных школах. В числе реконструкция лыжной базы (ДЮСШ лыжных видов спорта), ремонт здания СДЮСШОР по Греко-римской борьбе, капитальный ремонт плавательного бассейна (ДЮСШ по плаванию).

На основании постановления мэра города Южно-Сахалинска от две спортивные школы (ДЮСШ летних видов спорта и СДЮСШОР по горнолыжному спорту), а также стадион «Спартак», переданы из муниципальной в государственную собственность Сахалинской области. В 2007 году ДЮСШ по баскетболу переименована в ДЮСШ игровых видов спорта.

На основании постановлений мэра города Южно-Сахалинска с 01 марта 2010 года Управление по физической культуре и спорту и Комитет по делам молодежи был реорганизован путем слияния и образования нового Управления по физической культуре, спорту и молодежной политике администрации города Южно-Сахалинска. Начальником новосозданной структуры становится руководитель Комитета по делам молодежи Владислав И. На этом посту в феврале 2012 года его сменил Егор Умнов.

Решением Городской Думы от 24 июля 2013 «Об утверждении Положения об Управлении по физической культуре и спорту администрации города Южно-Сахалинска» Управление по физической культуре, спорту и молодежной политике администрации города Южно-Сахалинска переименовано в Управление по физической культуре и спорту администрации города Южно-Сахалинска.

В структуру Управления входят отдел физической культуры и спорта, отдел правового и экономического обеспечения, МКУ «Централизованная бухгалтерия учреждений спорта», а так же три спортивные школы: МБОУ ДОД ДЮСШ игровых видов спорта г. Южно-Сахалинска, МАУ ДОД ДЮСШ по плаванию города Южно-Сахалинска, МБОУ ДОД СДЮСШОР по греко-римской борьбе г. Южно-Сахалинска.